Farel era convins că a găsit în Calvin pe acela care se putea uni cu el în această lucrare. În numele lui Dumnezeu, l-a implorat pe tânărul evanghelist să rămână și să lucreze acolo. Calvin s-a dat înapoi îngrozit. Timid și iubitor de pace, evita legătura cu spiritul îndrăzneț, independent și chiar violent al locuitorilor din Geneva. Sănătatea lui firavă împreună cu deprinderile lui de a studia îl făceau să se retragă. Crezând că prin pana lui ar putea servi mult mai bine cauza Reformei, dorea să găsească un loc liniștit pentru studiu și de acolo, prin scris, să instruiască și să întărească bisericile. Dar sfatul solemn al lui Farel i-a venit ca o chemare din cer și el n-a îndrăznit să o refuze. “I s-a părut”, spunea el, “că mâna lui Dumnezeu s-a coborât din cer, că l-a prins și l-a țintuit irevocabil de locul pe care era atât de nerăbdător să-l părăsească.” — (D’Aubigne, History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin, b. 9, cap. 17.)
În timpul acesta, primejdii mari amenințau cauza protestantă. Anatemele papei fulgerau împotriva Genevei și națiuni puternice o amenințau cu distrugerea. Cum urma să reziste acest oraș mic în fața ierarhiei papale, care deseori îi silise pe regi și împărați să se supună? Cum se putea împotrivi armatelor marilor cuceritori ai lumii?
În întreaga creștinătate, protestantismul era amenințat de dușmani redutabili. După ce primele biruințe asupra Reformei au trecut, Roma adusese forțe noi, nădăjduind să-și desăvârșească distrugerea. În vremea aceea a fost creat ordinul iezuiților, cel mai tiran, cel mai lipsit de conștiință și puternic dintre toți apărătorii papalității. Călugării acestui ordin erau cu totul izolați de orice fel de legături pământești și interese omenești, morți față de cerințele afecțiunii naturale, cu rațiunea și conștiința complet înăbușite, ei nu cunoșteau nici o regulă, nici o legătură, în afară de aceea a ordinului lor, și nici o datorie în afară de aceea a extinderii puterii lui. [(Vezi note suplimentare.)] Evanghelia lui Hristos i-a făcut în stare pe aderenții ei să facă față primejdiei și să suporte suferințele, fără să se descurajeze din cauza frigului, a foamei, a trudei și a sărăciei, ca să înalțe steagul adevărului, făcând față scaunului de tortură, temniței și rugului. Pentru a lupta împotriva acestor forțe, iezuismul îi inspira pe urmașii lui cu un fanatism care-i făcea în stare să îndure și ei primejdii asemănătoare ca să opună puterii adevărului toate mijloacele de amăgire. N-a existat o crimă mai oribilă pe care să n-o săvârșească, nici o amăgire josnică pentru a o practica, nici o prefăcătorie prea perfidă la care să nu recurgă. Legați prin jurământ pentru o sărăcie și umilință continuă, ei aveau scopul de a câștiga bogăție și putere, ca să fie devotați înăbușirii protestantismului și restabilirii supremației papale.
Ca membri ai ordinului lor, aveau un aparent veșmânt de sfințenie, vizitând închisori și spitale, ajutându-i pe bolnavi și pe săraci, mărturisind că au renunțat la lume și purtând numele sfânt al lui Isus care a venit să facă binele. Însă, sub această înfățișare exterioară fără reproș, se ascundeau adesea planurile cele mai josnice și criminale. Un principiu fundamental al ordinului era acela că scopul scuză mijloacele. Și în virtutea acestui principiu, minciunile, furturile, jurămintele false, asasinatele erau nu numai scuzate, dar erau și recomandate atunci când slujeau interesele bisericii. Sub diverse deghizări, iezuiții își croiau drum în funcții de stat, devenind chiar consilieri ai regelui și conducând astfel politica națiunilor. Deveneau servitori pentru a-i spiona pe stăpânii lor. Înființau școli pentru copiii prinților și ai nobililor și școli pentru poporul de rând, în care copiii protestanților erau atrași și educați în păzirea ritualurilor catolice. Toată pompa și manifestarea exterioară de atunci a cultului romano-catolic avea drept scop să producă confuzie, să uimească și să cucerească imaginația și în felul acesta libertatea, pentru care părinții luptaseră și muriseră, să fie trădată de copii. Iezuiții s-au răspândit cu repeziciune în Europa și oriunde ajungeau se producea o reînviorare a papalității.
